Walaupun kekuasaan Ayyubiyah berlangsung lama tapi tidak semua wilayah bisa ditaklukkan. Di Mesir mereka hanya menguasai sampai tahun 1252 dikalahkan pasukan Mamluk Bahri dan Aybark dinobatkan sebagai sultannya yang pertama tahun 1250.
Kaum Mamluk menguasai Mesir dan Syiria tahun 1250 – 1517. Mamluk atau Mamalik (jamak), secara harfiah berarti budak-budak yang dimiliki. Mereka adalah orang Turki yang direkrut oleh Ayyubiyah di masa al-Malik as-Salih Najmudin. Mereka terdiri dari dua kelompok, yakni Mamluk Bahri dan Mamluk Buruj. Dinamakan Mamluk Bahri karena tempat tinggal mereka di Pulau ar-Raudah yang terletak seakan di laut (Arab, bahr) yang ada disunagi Nil. Yang kedua karena mereka menempati benteng (Arab, burj) di Kairo. Kaum Bahri berasal dari Qipchaq, Rusia Selatan, yang merupakan campuran antara Mongol dan Kurdi, sedangkan Buruj adalah orang-orang Circassia dari Caucasus.
Dinasti Mamluk berjaya dalam menghadapi ekspansi Mongol ke arah barat. Pasukan dari timur yang telah membumihanguskan Baghdad dipukul mundur oleh Mamluk dibawah pimpinan Qutuz dan Babyras di ‘Aint Jalut tahun 1260 M. Mamluk juga dihormati oleh dunia Islam karena berhasil menghalau tentara Salib dari pantai Syro-Palestina, untuk kemudian mengembangkan kekuasaan ke arah barat hingga Cyrenaica, ke utara gunung Taurus, Mubia dan Massawa, dan ke selatan melindungi kota-kota suci di Arabia.